O Paris-Roubaix 2006 foi a derradeira confirmação de Fabian Cancellara como um classicómano a ter em conta para o futuro. Foi a 2ª grande vitória do suíço, na altura a representar a CSC Pro Team, a 1ª tinha sido no prólogo do Tour em 2004, ainda com a camisola da Fassa Bortolo.
Em 2006 a CSC tinha um Frank Schleck em ascensão, um Andy Schleck a subir nos rankings e um Carlos Sastre e um Ivan Basso no seu auge, para além de uma série de veteranos gregários que eram capazes de fazer quase tudo. Cancellara, ao tempo com 25 anos, e já um dos melhores contra-relogistas do Mundo, veio preencher uma vaga na liderança das clássicas, partilhada com Stuart O’Grady.
A equipa da CSC era tão forte que Cancellara nem sequer foi convocado para o Tour nessa época. Passando para essa edição de 2006 do Paris-Roubaix, Tom Boonen chegava com o grande favorito, campeão em título e com uma boa equipa a rodeá-lo. A primeira selecção fez-se na Floresta de Arenberg, com um grupo de 17 ciclistas a ficar na frente.
Nesse grupo várias formações tinham 2 elementos, incluindo a CSC, enquanto Tom Boonen era o único representante da Quick-Step, houve colaboração para deixar um 2º grupo liderado pela Quick-Step para trás e a corrida iria decidir-se entre aqueles 17. A 45 kms da meta George Hincapie caiu e a frente da corrida ficou reduzida a Ballan, Gusev, Cancellara, Boonen, van Petegem, Eisel, Flecha e Hoste.
Mas foi a 20 kms do final que a corrida que Fabian Cancellara lançou o seu letal ataque, numa fase inicial apenas seguido por Vladimir Gusev e depois em solitário. No grupo perseguidor saíram Hoste e van Petegem, que apanharam Gusev. Nada podiam fazer quanto a Cancellara, o suíço parecia uma locomotiva e terminou com mais que tempo para festejar, com 1:23 sobre o trio já mencionado.
Curiosamente, Gusev, Hoste e van Petegem viriam a ser desqualificados por terem cruzado uma passagem de nível que estava fechada. Isto viria a promover Tom Boonen a 2º e Alessandro Ballan a 3º. 2006 viria mesmo a ser a primeira grande temporada do suíço, conquistou o primeiro Monumento da carreira no Paris-Roubaix e depois sagrou-se campeão do Mundo de contra-relógio.